Podle studie dánské Agentury pro ochranu životního prostředí (Miljøstyrelsen), která s univerzitami v Aarhusu a Dánskou technickou zkoumala vliv totálního herbicidu na střevní bakterie, glyfosát je naprosto neškodný.
Glyfosát se v celém používá už víc než 40 let na hubení plevelů a doposud nebylo prokázáno, že při jeho obvyklém používání došlo k poškození zdraví lidí a zvířat. Před několika léty byla ve Spojených státech kvůli mnoha onemocněními rakovinou rozpoutána kampaň proti společnosti Monsanto vyrábějící tento herbicid. Přestože onemocnění po práci s glafosátem nebylo prokázáno, musela společnost platit milionové odškodné mnoho lidem. Soudy vycházely z chyby v návodu k obsluze, kde nebylo uvedeno, že po požití chemikálie může dojít k poškození zdraví. Pro media ovšem byl glyfosát okamžitě látkou způsobující rakovinu. Lidé tomu věří, proto v některých státech je používání glyfosátu zakázáno.
Protože funkce střevní bakteriální flóry je pro lidi a zvířata nesmírně důležitá, spekulovalo se, že glyfosát má vliv na metabolizmus střevních bakterií, čímž dochází ke změně aminokyselin. Teoreticky by glyfosát mohl mít vliv na reprodukci bakterií, a tím na celou střevní flóru.
Pokusy, při nich byly použity až padesátinásobně vyšší dávky, než je možné neúmyslně do lidského těla dostat, ukázaly jen nepatrné účinky na množství střevních bakterií. Podle závěrečné zprávy Miljøstyrelsen, pokud je ve střevě i nepatrné množství aminokyselin, nedochází k poškození bakterií glafosátem.